GSEAlens 的名称源自 Lens（透镜），象征本包像 放大镜 一样，帮助研究者深入
探索 GSEA 富集分析中的关键通路。 GSEAlens 提供一个基于 Web 的交互式平台，用于展示通路简介与描述，并集成 AI 辅助的 通路富集结果导出功能。通过封装工作流并标准化输入格式，本 R 包简化了 GSEA 富集分析 结果的查看与探索过程。
GSEAlens 作为 DEG 后探索层（post-DEG exploration layer），被设计为可插入标准 Bioconductor RNA-seq 与功能富集工作流：
上游（输入准备）：GSEAlens 接收来自 limma 的已拟合模型对象
（limma::eBayes() 返回的 MArrayLM 对象，基于 edgeR + limma-voom
流程），或来自 DESeq2 的 DESeqDataSet 对象。表达矩阵与样本元数据
可作为 SummarizedExperiment 对象传入，确保与 Bioconductor 核心数据
容器的互操作性。
富集计算：在底层，GSEAlens 包装了 clusterProfiler（GSEA() 函数），
并使用来自 msigdbr 的基因集集合。因此统计框架通过 clusterProfiler
继承了 fgsea 的方法论。
并行化：GSEAlens 使用 future（future::multisession）执行多对比
并行计算。在并行运行前，用户的原始 future::plan() 与 future.globals.maxSize
选项会被保存，并在函数退出时通过 on.exit() 恢复，因此全局状态不会被污染。在
开发阶段，我们经验性地观察到，对于本包的典型工作负载（需序列化较大的全局对象：
完整 DE 表 + 基因集字典 + 元数据字典），future::multisession 在 Windows 平台上
比 BiocParallel（SnowParam / PSOCK 序列化）速度更有体感优势。
这只是开发过程中的一次非正式观察，并非严格的基准测试；如果 BiocParallel 更适合
您的运行环境，用户完全可以自行切换到 BiocParallel 重新运行分析。
可视化：绘图构建于 enrichplot、ComplexHeatmap、 ggplot2、patchwork、visNetwork 之上， 产出的图形与下游发表流程兼容。
下游：Shiny 应用中的“生成 R 代码”功能会输出自包含脚本，可嵌入 rmarkdown / Quarto 报告或集成到多步骤流水线。 典型的端到端 Bioconductor 工作流因此为：
RNA-seq counts
|
+--[edgeR + limma-voom]--> MArrayLM fit --+
| |
+--[DESeq2]--------------> DESeqDataSet --+
|
v
[setup_gsea_env]
|
v
[batch_calc_gsea]
|
v
Shiny 应用探索
|
v
可复现 R 代码导出
这使得 GSEAlens 自然地补充了现有 Bioconductor 富集分析包：当 clusterProfiler、 GSVA、gprofiler2 或 ReactomePA 关注于
计算富集时，GSEAlens 关注于对结果通路列表的交互式解读。
GSEAlens 可从 Bioconductor 安装。使用以下命令安装稳定版本：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GSEAlens")开发版本可从 GitHub 安装：
if (!requireNamespace("pak", quietly = TRUE))
install.packages("pak")
pak::pkg_install("DDL095/GSEAlens")本节使用 airway 数据集演示 GSEAlens 的完整工作流。由于 GSEAlens
本身不做 DEG 分析，我们假定输入对象（fit、dds_se、dds）已按照标准
limma / DESeq2 流程准备完毕。
详细的输入准备步骤（limma-voom 拟合、DESeq2 对象构造、基因过滤）请参阅
补充 vignette vignette("GSEAlens-preprocessing-zh")。
library(GSEAlens)
library(airway)在本主 vignette 中，三个输入对象（fit、dds_se、dds）按照预处理 vignette 的
步骤准备完毕。由于在每次编译时重跑 DESeq2::DESeq() 与 limma-voom 流程会使
vignette 变慢，我们在 inst/extdata/ 中附带了这些对象的预计算版本；
重新生成它们的脚本位于 inst/scripts/make_preprocessed_inputs.R，
完全遵循预处理 vignette 的步骤。
关于附带的 dds_se 的说明：为满足 Bioconductor extdata 文件不超过 5 MB 的要求，
本 vignette 使用的 preprocessed_dds_se.rds 是经由
make_preprocessed_inputs.R 中的 slim_dds_se() 函数裁剪过的
DESeqDataSet。裁剪操作去除了 mu / H / cooks 这三个 assay（DESeq()
拟合的中间产物），并将 rowRanges 由 GRangesList 展平为 GRanges（每个基因
仅保留一条代表性区间）。经 DESeq2::results() 与全部 GSEAlens 入口函数验证，
裁剪前后的 log2FoldChange / pvalue / padj 完全一致。如需重建未裁剪的完整
DESeqDataSet（用于 DESeq2 教学），请参阅预处理 vignette。
data(preprocessed_limma, package = "GSEAlens")
preproc_limma <- preprocessed_limma
fit <- preproc_limma$fit
gsea_limma_voom_data <- preproc_limma$gsea_limma_voom_data
data(preprocessed_dds_se, package = "GSEAlens")
dds_se <- preprocessed_dds_se
data(preprocessed_dds, package = "GSEAlens")
dds <- preprocessed_dds若要从自己的数据中准备这些对象，请参阅补充预处理 vignette：
vignette("GSEAlens-preprocessing-zh")
使用build_gsea_pathways函数构建用于GSEA富集分析的基因集对象
# 实际调用（在 Bioconductor 构建机上较慢，因需加载多个 MSigDB 集合；编译时跳过）
# gsea_pathwaysets <- build_gsea_pathways(
# species = "HS", auto_select = c("H", "C2:CP:REACTOME", "C5:GO:BP")
# )# 为加速 vignette 编译，此处加载预计算的轻量级基因集对象
# （Hallmark + KEGG_LEGACY，共 236 条通路）。
# 重新生成方法见 inst/scripts/make_gsea_pathwaysets_toy.R。
data(gsea_pathwaysets_toy, package = "GSEAlens")
gsea_pathwaysets <- gsea_pathwaysets_toy通过setup_gsea_env函数，组装用于计算分析的GSEAEnv对象，不同的终端使用同一个函数，仅纳入数据不同，对于limma-voom流程，由于fit对象当中不包含原始的基因读数，因此必须额外纳入过滤后用于生成fit对象的DGEList，本例中为多步过滤的gsea_limma_voom_data。
limma-voom 流程对象纳入分析。
gseadata_limmavoom <- setup_gsea_env(fit = fit,pathway_obj = gsea_pathwaysets,expr_data = gsea_limma_voom_data)DESeq2 的 SummarizedExperiment 对象纳入分析。
gseadata_se <- setup_gsea_env(fit = dds_se,pathway_obj = gsea_pathwaysets)DESeq2 的 Count matrix 流程的对象纳入分析。
gseadata_dds <- setup_gsea_env(fit = dds,pathway_obj = gsea_pathwaysets)所有对象均使用batch_calc_gsea这个函数处理，没有任何区别。
并行计算提示：可根据电脑性能调整 workers 选项，设置计算使用的核心数量。 比对数量越多，建议设置越高的核心数以提升计算效率。
# 将 vignette 输出写入临时目录，避免污染 Bioconductor 构建机器的工作目录。
out_dir <- tempdir()
# limma-voom 流程
gsea_res_limmavoom <- batch_calc_gsea(gseadata_limmavoom,
custom_series_name = "limmavoom_data",
output_dir = out_dir,
workers = 2, # 根据比对数量和电脑性能调整
force = TRUE)
# DESeq2 SummarizedExperiment 流程
gsea_res_se <- batch_calc_gsea(gseadata_se,
custom_series_name = "dds_se_data",
output_dir = out_dir,
workers = 2,
force = TRUE)
# DESeq2 Count matrix 流程
gsea_res_dds <- batch_calc_gsea(gseadata_dds,
custom_series_name = "dds_data",
output_dir = out_dir,
workers = 2,
force = TRUE)batch_calc_gsea 运行后，会在输出目录生成一个 RDS 文件（“GSEA Capsule”）。可以
直接用 readRDS 读取，或使用 import_gsea_capsule，后者会自动将相关文件整理到
您的 .Rmd / .R 脚本所在目录，并执行数据体检。
gsea_res <- import_gsea_capsule("/path/to/your/files/")
# 或者直接读取 RDS 文件：
# gsea_res <- readRDS("/path/of/your/file/")GSEAlens 提供了一个交互式 Shiny 应用，用于 GSEA 结果的可视化探索。将
batch_calc_gsea 返回的 GseaRes 对象（或通过 import_gsea_capsule 加载的对象）
传入 launch_gsea_app 即可启动。
launch_gsea_app(gsea_res)可选：传入 addition_data 数据框（或 .csv / .rds 文件路径），将通路注释合并到
主表。若为 NULL，应用会自动检测工作目录下的 addition_data_gsealens.rds 或
addition_data_gsealens.csv。
launch_gsea_app(gsea_res, addition_data = "pathway_annotations.csv")应用采用 侧边栏 + 主面板 布局，主面板包含 6 个 tab。侧边栏（数据预处理 模块）提供全局控件；主面板承载六个功能 tab。
提供跨 tab 可见的全局控件：
对比选择：选择要探索的两两比较
基因集子组过滤：按集合（如 H、C2、C5）子集化通路
DEG marker 选择：高亮关注的基因
组显示顺序：自定义因子排序
表达指标：切换 CPM / logCPM / VST / FPKM
源文件：R/08_shiny_mod_data_prep.R
默认起始 tab，整合两个子模块：
主表（DT::datatable）：所有富集通路的交互式表格，支持列排序（NES、pvalue、
p.adjust、setSize）与 checkbox 选择。选中的行会推送到其他 tab。
组合通路绘图：将多个选中通路聚合为单张组合图（底层使用 patchwork）。
导出模态框包含 WYSIWYG 实时预览、PDF/PNG/SVG/TIFF 输出，以及“复制 R 代码”
按钮（通过 generate_combined_plot_code() 生成自包含脚本）。
点击任意通路行会打开通路详情 Modal，展示完整描述、leading-edge 基因，并提供
“加入绘图队列”选项。
源文件：R/09_shiny_mod_table.R、R/11_shiny_mod_modal.R、R/12_shiny_mod_multi_plot.R
四个同步面板：
左上：通路选择器（与主工作区联动）
右上：基因排名表（按 |stat| 排序）
左下：所选对比的 volcano 图
右下：所选基因的表达 boxplot
选择双向同步——在表中点击基因会在 volcano 中高亮；在 volcano 中点击点会滚动
表格到对应行。
源文件：R/10_shiny_mod_quadrant.R
通路间关系的网络可视化，节点为通路，边表示共享基因（Jaccard 相似度）。两种选择 模式：
单选模式：探索一个通路及其邻居
批量模式：从主工作区选中多个通路，可视化它们的相互连接
本 Tab 提供两个子面板：
DotPlot 面板：横向点图。横轴为 NES，点颜色编码显著性
（-log10(FDR) / -log10(P-value) / |NES|，用户可选），点尺寸编码
基因集量级。尺寸映射采用数据驱动（无固定域、无变换），使点尺寸
忠实反映底层基因集量级范围。这与 enrichplot::dotplot 使用的
ggplot2::scale_size_continuous(range=c(3,8)) 范式一致——尺寸
上下限由数据本身决定，而非人为施加固定域。
Network 面板：图布局（Fruchterman-Reingold / Kamada-Kawai / 圆形）， 提供两种用户可选的边粗细编码：
Weight-based（默认，emapplot 范式）：边粗细与 Jaccard 值线性正比，
视觉忠实反映相似度量级。推荐用于发表。
Rank-based：边粗细按 Jaccard 排名分配，保证所有边在视觉上等距分布，
不受绝对权重影响。适合权重方差很小的密集网络。
节点大小反映 |NES|；节点颜色反映富集方向（红色 = 左组上调，蓝色 = 右组
上调）。
导出中心（两个面板均有）：点击 “Export Publication Plot” 弹出 modal，
含宽度 / 高度 / DPI / 格式（PDF、PNG、SVG、TIFF）控件，以及两个动作：通过
ggsave 下载静态 ggplot2 渲染图像（不依赖 kaleido/orca 等外部工具），
或复制完整可复现 R 脚本（generate_dotplot_code() / generate_network_code()）
到剪贴板。静态图与复制的代码运行结果字节一致。
源文件：R/13_shiny_mod_pathway_relation.R、辅助函数 R/utils_hubgene.R，
代码生成器见 R/15_code_generator.R。
识别并可视化 HubGene（在多个富集通路中高度连接的基因），使用 visNetwork 交互式
图。可调参数：
物理模拟：开关，调整力导向参数
通路节点尺寸编码：三种用户可选模式
按基因集大小（setSize，默认）：与 enrichplot::cnetplot 范式一致；
通路节点大小与基因集基因数（sqrt 缩放）成正比。推荐用于生物学解读。
按显著性（-log10(FDR)）：突出最值得信任的通路。
固定大小：滑块控制的常量大小（旧行为）。
滑块值始终作为基准尺寸，所选编码在其 [0.6×, 1.4×] 区间缩放，以保证
visNetwork 力导向布局稳定（尺寸差异超过 ~2.3 倍会导致布局抖动）。
基因节点尺寸不受影响（始终为 base + degree * 3）。
网络统计：节点数、边数、密度的汇总面板
导出中心：与 Tab 3 相同的 modal 模式。静态复现使用
generate_hubgene_code()，通过 igraph + ggplot2（无 ggraph 依赖）将
通路节点绘制为菱形、基因节点绘制为圆形的二分图。当前尺寸编码模式会保留到生成
的脚本中。
源文件：R/16_shiny_mod_hubgene_vis.R，代码生成器见 R/15_code_generator.R。
为外部 LLM（如 GPT-4、Claude）生成结构化 prompt，用于解读选中通路。支持自定义
模板，用户可强制要求特定输出格式（如“生成一段引用 leading-edge 基因的三段式生物学
解读”）。生成的 prompt 可一键复制到剪贴板。
源文件：R/17_shiny_mod_AI.R
注意：本 tab 仅生成 prompt，不直接调用外部 API。作者刻意如此设计，以便用户 自行管控 API key 与网络调用。
将多个选中通路的富集 running-score 曲线聚合为单张画布。图像导出模态框
包含 WYSIWYG 实时预览、PDF/PNG/SVG/TIFF 输出、可调画布边距，以及“复制 R
代码”按钮（通过 generate_joint_canvas_code() 生成自包含 R 脚本，可在 Shiny
环境外重现该图）。
源文件：R/14_shiny_mod_joint_canvas.R，代码生成器 R/15_code_generator.R
| 可视化 | 关注要点 | 生物学含义 |
|---|---|---|
| NES（标准化富集得分） | 符号与幅度 | 正 NES -> 该通路在对比右组中上调 |
| p.adjust | < 0.05 阈值 | BH 校正后的统计显著性 |
| Volcano（Tab 2） | 对称 / 不对称 | 对称表明全局性变化；不对称表明靶向调控 |
| 通路网络（Tab 3） | 簇结构 | 紧密连接的簇提示共调控的生物学模块 |
| HubGene（Tab 4） | 高度数基因 | Hub 基因是潜在的生物标志物或调控节点 |
| 联合画布（Tab 6） | 曲线重叠 | 重叠的 running-score 曲线提示协同调控 |
Tab 1（组合通路绘图）、2、3、4、6 均在各自的图像导出模态框中集成了
“复制 R 代码” 按钮，会生成一份独立 R 脚本重现当前可视化。
这是生成发表级图表的推荐方式：在 Shiny 应用中迭代调整图像，然后导出代码用于最终 定制。
setup_gsea_env 函数返回的 GseaEnv 对象包含以下组件： | 组件 | 说明 | |——|——| | backend_info | 后端类型信息（limma-voom 或 DESeq2） | | contrast_registry | 对比组注册表，包含所有成对比较信息 | | de_store | 差异分析结果存储 | | expr_bundle | 表达数据封装（原始计数、标准化矩阵、样本元数据） | | geneset | 基因集信息（TERM2GENE、元数据字典、物种） |
batch_calc_gsea 函数返回的 GseaRes 对象包含以下组件： | 组件 | 说明 | |——|——| | metadata | 计算元数据（运行时间、使用的核心数、参数设置） | | backend_info | 后端类型信息 | | contrast_registry | 对比组注册表 | | de_store | 差异分析结果存储 | | expr_bundle | 表达数据封装 | | geneset_info | 基因集信息 | | results | GSEA 结果列表，每个对比组对应一个条目 |
extract_gsea_task 函数返回的 GseaTask 对象用于单对比分析：
| 组件 | 说明 |
|---|---|
gsea_res |
GSEA result 对象 |
meta |
元信息（对比组信息、基因集名称、表达数据） |
sessionInfo()## R version 4.6.1 (2026-06-24)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu
## Running under: Ubuntu 24.04.4 LTS
##
## Matrix products: default
## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.24-bioc/R/lib/libRblas.so
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.12.0 LAPACK version 3.12.0
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
## [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C
## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## time zone: America/New_York
## tzcode source: system (glibc)
##
## attached base packages:
## [1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods
## [8] base
##
## other attached packages:
## [1] GSEAlens_0.99.35 DESeq2_1.53.2
## [3] edgeR_4.11.6 limma_3.69.4
## [5] airway_1.33.2 SummarizedExperiment_1.43.0
## [7] Biobase_2.73.2 GenomicRanges_1.65.1
## [9] Seqinfo_1.3.0 IRanges_2.47.2
## [11] S4Vectors_0.51.6 BiocGenerics_0.59.12
## [13] generics_0.1.4 MatrixGenerics_1.25.0
## [15] matrixStats_1.5.0 BiocStyle_2.41.0
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] splines_4.6.1 later_1.4.8 ggplotify_0.1.3
## [4] tibble_3.3.1 polyclip_1.10-7 enrichit_0.2.1
## [7] lifecycle_1.0.5 httr2_1.3.0 doParallel_1.0.17
## [10] globals_0.19.1 processx_3.9.0 lattice_0.23-1
## [13] MASS_7.3-66 magrittr_2.0.5 plotly_4.12.1
## [16] sass_0.4.10 rmarkdown_2.31 jquerylib_0.1.4
## [19] yaml_2.3.12 httpuv_1.6.17 otel_0.2.0
## [22] ggtangle_0.1.2 DBI_1.3.0 RColorBrewer_1.1-3
## [25] abind_1.4-8 purrr_1.2.2 msigdbr_26.1.0
## [28] yulab.utils_0.2.4 tweenr_2.0.3 rappdirs_0.3.4
## [31] aisdk_1.4.12 gdtools_0.5.1 circlize_0.4.18
## [34] enrichplot_1.33.0 ggrepel_0.9.8 listenv_1.0.0
## [37] tidytree_0.4.8 parallelly_1.48.0 codetools_0.2-20
## [40] DelayedArray_0.39.5 DOSE_4.7.2 DT_0.34.0
## [43] ggforce_0.5.0 tidyselect_1.2.1 shape_1.4.6.1
## [46] aplot_0.3.1 farver_2.1.2 jsonlite_2.0.0
## [49] GetoptLong_1.1.1 progressr_1.0.0 iterators_1.0.14
## [52] systemfonts_1.3.2 foreach_1.5.2 tools_4.6.1
## [55] ggnewscale_0.5.2 treeio_1.37.0 Rcpp_1.1.2
## [58] glue_1.8.1 SparseArray_1.13.2 BiocBaseUtils_1.15.1
## [61] xfun_0.60 qvalue_2.45.0 dplyr_1.2.1
## [64] withr_3.0.3 BiocManager_1.30.27 fastmap_1.2.0
## [67] shinyjs_2.1.1 callr_3.8.0 digest_0.6.39
## [70] mime_0.13 R6_2.6.1 gridGraphics_0.5-1
## [73] colorspace_2.1-3 GO.db_3.23.1 dichromat_2.0-1
## [76] RSQLite_3.53.3 tidyr_1.3.2 fontLiberation_0.1.0
## [79] data.table_1.18.4 httr_1.4.8 htmlwidgets_1.6.4
## [82] S4Arrays_1.13.0 scatterpie_0.2.6 pkgconfig_2.0.3
## [85] gtable_0.3.6 blob_1.3.0 ComplexHeatmap_2.29.0
## [88] S7_0.2.2 XVector_0.53.0 clusterProfiler_4.21.1
## [91] htmltools_0.5.9 fontBitstreamVera_0.1.1 bookdown_0.47
## [94] clue_0.3-68 scales_1.4.0 png_0.1-9
## [97] ggfun_0.2.1 knitr_1.51 reshape2_1.4.5
## [100] rjson_0.2.23 visNetwork_2.1.4 nlme_3.1-170
## [103] curl_7.1.0 cachem_1.1.0 GlobalOptions_0.1.4
## [106] stringr_1.6.0 shinycssloaders_1.1.0 parallel_4.6.1
## [109] AnnotationDbi_1.75.2 pillar_1.11.1 grid_4.6.1
## [112] vctrs_0.7.3 promises_1.5.0 tidydr_0.0.6
## [115] xtable_1.8-8 cluster_2.1.8.3 evaluate_1.0.5
## [118] cli_3.6.6 locfit_1.5-9.12 compiler_4.6.1
## [121] rlang_1.3.0 crayon_1.5.3 future.apply_1.20.2
## [124] ps_1.9.3 plyr_1.8.9 fs_2.1.0
## [127] ggiraph_0.9.6 stringi_1.8.9 viridisLite_0.4.3
## [130] BiocParallel_1.47.0 assertthat_0.2.1 babelgene_22.9
## [133] Biostrings_2.81.6 lazyeval_0.2.3 GOSemSim_2.39.2
## [136] fontquiver_0.2.1 Matrix_1.7-6 patchwork_1.3.2
## [139] bit64_4.8.2 future_1.75.0 ggplot2_4.0.3
## [142] KEGGREST_1.53.6 statmod_1.5.2 shiny_1.14.0
## [145] clipr_0.8.1 igraph_2.3.3 memoise_2.0.1
## [148] bslib_0.12.0 ggtree_4.3.0 bit_4.6.0
## [151] ape_5.8-1 gson_0.2.1